박종훈은 지난 2021년 12월 다년계약을 맺었다. 5년 총액 65억 원에 계약을 맺었다. 비FA 다년계약은 KBO 최초였다. 당시 박종훈을 비롯해 우완 문승원도 5년 55억 원에 다년계약을 맺었다. 외야수 중에는 한유섬이 5년 60억 원에 사인했다.
박종훈을 향한 구단의 기대치는 컸다. 지난 2017년 12승 7패 1홀드, 평균자책점 4.10을 기록했고 이듬해 커리어 중 최다인 14승(8패)을 올렸다. 평균자책점은 4.18을 기록. 2019년 8승 11패로 3시즌 연속 10승에는 실패했지만 2020년 13승 11패, 평균자책점 4.81로 다시 두 자릿수 승리 투수가 됐다. 박종훈은 4시즌 동안 47승을 올렸다.
2021시즌 도중 팔꿈치에 탈이 났고, 수술대에 오르게 됐다. 그럼에도 구단은 비FA다년계약을 제시하며 기대를 했으나 2022년 3승 5패, 2023년 2승 6패, 2024년 1승 4패, 2025년 2패에 그쳤다. 그런 그가 올해, 5월 마지막 날 부활 조짐을 보였다.